检察机关在审查起诉阶段，依法告知了被告人杨发森享有的诉讼权利，并讯问了被告人。检察机关起诉指控：被告人杨发森利用担任新疆维吾尔自治区阿克苏地区阿克苏市依干其乡党委书记，阿克苏市委常委、副市长，阿克苏市委副书记，拜城县委书记，库车县委书记，和田地委书记，新疆维吾尔自治区政府副主席，新疆维吾尔自治区党委常委、乌鲁木齐市委书记，青海省委常委、政法委书记等职务上的便利以及职权或者地位形成的便利条件，为他人谋取利益，非法收受他人财物，数额特别巨大，依法应当以受贿罪追究其刑事责任。